早在十一届三中全会以前，邓小平就有了政治体制改革的设想。三中全会后，他从政治体制改革的高度郑重提出要解决党政不分、以党代政的问题。他认为，党政分开的实质是加强和改善党的领导，解决党如何正确领导的问题。党的领导主要是政治领导，党委应当只管大事，管大政方针政策，而不管具体事务，不要具体抓经济管理部门。因此，“今后凡属政府职责范围内的工作，都由国务院和地方各级政府讨论、决定和发布文件，不再由党中央和地方各级党委发指示、作决定。”根据上述原则，从1980年起至1993年初，党和政府采取了相应的措施划分党同政府、经济组织、群众组织的职权范围，扩大和加强各级人大及其常委会的立法职权，适当增加地方的权力。此外，党政分开还涉及到基层组织的改革。1980年，邓小平就针对我们长期实行的党委领导下的厂长负责制、学校党委领导下的校长负责制等普遍实行的党委领导下的首长负责制提出了不同看法。他认为，如果继续实行这个制度，就不能体现党的领导作用。如果这个问题解决得不好，可能损害党的领导，削弱党的领导，而不是加强党的领导。根据邓小平的建议，作为政治体制改革的一项基本内容，从1980年起，在部分企业中开始试行厂长负责制和董事会领导下的经理负责制。党委领导下的行政首长负责制改为行政首长负责制，使企业事业单位的决策权从党委转到了行政首长，也使企业的党委摆脱了行政和经济事务，集中精力抓党的方针政策的贯彻落实。这样，既解决了党政分开的问题，又使厂长、经理有职有权，建立起强有力的生产指挥系统，改善了企业的经营管理。
精简机构，克服官僚主义，提高办事效率，是邓小平的一贯思想，也是政治体制改革迫切要求解决的重要问题。改革开放和现代化建设事业的发展，与党和国家各级组织的机构臃肿，效率低下的矛盾日益突出。对此，邓小平曾多次做过分析和论述。1982年1月，他在中央政治局讨论中央机构精简的会议上发表讲话，明确提出，“精简机构是一场革命”。他指出，如果不搞这场革命，让党和国家各级组织继续目前这种机构臃肿重叠、职责不清，许多人员不称职、不负责，工作缺乏精力、知识和效率的状况，党和国家的方针政策就无法充分贯彻，人民是不会赞同的。这场革命不搞，让老人病人挡住比较年轻、有干劲、有能力的人的路，不只是现代化事业没有希望，甚至要亡党亡国。当然，这不是对人的革命，而是对体制的革命。他认为，要下大决心搞好这场革命，工作要细，要把精简机构和选拔、培养接班人结合起来，不但要注意出的问题，还特别要注意进的问题。进就是选好接班人，最关键的问题是选比较年轻的、德才兼备的干部进各级领导班子。在邓小平的积极推动下，精简机构的工作首先在中央领导机关进行。到1982年上半年，中央党政机关机构改革工作第一阶段结束。改革后的国务院副总理由13人减少到2人，新设国务委员10人。中共中央和国务院经过机构精简，国务院所属部委、直属机构和办公机构由100个裁并为60个，工作人员总编制缩减1/3左右。仅据38个部委统计，正副部长、主任共减少67％，在新的领导班子中新选拔的中青年干部占32％，平均年龄由64岁降到58岁。中共中央直属单位、局级机构减少11％，工作人员总编制缩减17.3％，各部委的正副职减少15.7％。在新组成的领导班子中，新选拔的中青年干部占16％，平均年龄由64岁降为60岁从1982年至1984年，各地也先后开展了精简机构的工作。
在邓小平的指导下，我国的政治体制改革稳步进展。在加强人民民主方面，人民代表大会制度得到健全，各级人民代表大会在立法及监督方面的功能大为增强；1980年进行了县级人大代表的直接选举，人民代表的素质得到明显改善；人民群众享有的民主权利也随着新宪法及其它有关法律的颁布而得以扩大并得到初步保障。在改善和加强党的领导方面，除采取党政分开的初步措施外，党中央恢复设立中央书记处，各级党委都实行集体领导与个人分工负责相结合的制度，党的集体领导制度得到恢复和健全，随着纪律检查系统的设立，党内监督制度大为增强。在干部制度改革和建设方面，遵循“革命化、年轻化、知识化、专业化”的方针，通过设立顾问委员会、建立健全干部离退休制度等措施，大力提拔优秀年轻干部，干部队伍素质明显改善，初步形成了新老干部合作交替的格局。
总之，这一时期的政治体制改革，在邓小平的倡导和推动下，从拨乱反正、医治“文化大革命”创伤开始，发展到改革整个党和国家领导制度中的弊端，效果显著，进一步促进了社会主义民主和法制建设，巩固和发展了安定团结的政治局面。
