跨区域层面：对跨省京津冀，建立高于省级、低于中央的一种独立性跨行政区协调机构或大都市区规划组织，诸如“京津冀政府协调会或京津冀规划委员会等”，依法明确经费来源和跨行政区协调职能，独立开展宏观调控工作，保持足够的权威性。在运作过程中，要积极借鉴美国经验，让该机构拥有中央对京津冀区域的交通、环境、水利等重大设施建设的申报资格与资金分配权，迫使三省市在交通、环境、水利等跨区域设施建设中，统一行动，为一体化发展创造统一规范的基础环境。同时，配套性成立“京津冀发展银行”或“京津冀发展基金”以及“京津冀法院”，为区域调控与公平发展提供应有的金融支持体系和司法保障体系。
2.多要素“跨行政区功能区”治理体系
针对跨区域共同体的自然问题治理，如大气污染、水资源污染、土壤污染、港口经济等现象，可以尝试性地设置中国特色、单一职能的“跨界特别区”政府。如针对京津冀地区严重的空气污染，可以从现有的各级地方环保局中剥离大力污染防治的相关职能，以三省市全部行政区划为范围，重新设置跨区域的“京津冀大气质量控制区”，设置横跨于三省市的“京津冀大气质量控制区政府”，全面负责整个区域大气污染防治的调查、检测、标准制定、信息发布、执法等一体化职能，从根本上克服大气污染防治中的区际矛盾和利益阻隔。选择三省市紧密相连的中心城市区域范围，先试点，然后再推广。类似“大气质量质量区”，等条件成熟的时候，设置“水区”、“港区”、“湿地生态区”、“学区”、“历史文化保护区”等特殊功能区或跨界公共服务区，实行统一标准、统一待遇、统一服务，从而根除跨行政区之间的矛盾和不公。
3.多元参与共同治理体系
所谓多元共同治理，就是指在跨行政区治理体系的建构中，除了全面发挥并理顺中央与地方、地方与地方政府之间关系的同时，在处理跨区域公共事务的过程中，要充分发挥市场、社会组织的作用和力量，为广大的公众参与区域公共事务搭建平台和渠道，如成立跨区域行业协会、跨区域社会组织、组建京津冀发展全球论坛等，广泛听取民众的意见或建议，形成政府与社会、政府与市场之间的合作伙伴关系，整合并发挥政府、市场、社会的三股力量，创建兼容并蓄、海纳百川的智力资源和治理智慧。
4.探索跨行政区合作与税收共享新机制
为了促进首都城市功能疏解与一体化发展，建议京津冀区域政府与企业协同起来，各成员城市之间大力探索跨行政区“飞地”式区域经济合作新形式，以跨地工业园的形式，充分发挥市场的力量，统筹不同城市拥有的资金、技术、人力、土地等各自优势，实行异地生产、统一经营、税收共享，联合促进产业结构的调整与经济转型的步伐。
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