统筹治理由中央或上级政府主导，如京津冀二市一省的协同发展是由中央直接设计和推进的，珠三角区域合作是由广东省设计和推动的。统筹区域治理是中央的职责，中央通过区域规划，进行区域布局；通过区域合作机制，推动区域合作。中央政府介入地方事务，主要是帮助解决跨层级的和跨辖区的地方关系协调问题，这些问题是地方自身无法单独解决的。中央的统筹治理可以采取多种形式，在组织上通常设有领导小组，并在业务最直接相关的部门设办公室，负责沟通与督办，治理工具则包括区域政策、国家项目、专项资金等。从地方合作的空间关系看，主要包括连片协力型和飞地合作型。
连片协力型区域治理是最为常见的区域合作，通常为相邻地方政府间的合作。之所以会由中央主导，取决于中央对重大区域问题的认定。一是出现重大的区域问题，当事的地方之间不能协商解决，所以需要中央出面协调地方利益冲突，组织区域合作。这种情况多发生在跨省的大范围流域地区的环境治理，如“京津冀及周边地区大气污染防治协作小组”。二是对国家发展战略具有重要意义，以区域发展的方式实现国家的重大发展战略，如中央直接推动的“京津冀协同发展”。
飞地合作型区域治理指不相邻的两个地方政府间的合作，主要是中央或省级政府安排的发达地区对欠发达地区的对口支援。对口支援是对欠发达地区的专门帮扶政策，在形式上，有对口援藏、对口援疆、对口支援灾区重建等；在内容方面，包括资金、干部、人力资源、产业项目、基础设施等。经过多年发展，对口支援已成为区域治理重要手段，用于协调区域发展、缩小区域发展差，并且具有维护民族团结和国家统一的政治功能。
合作治理是地方自发形成的区域合作机制，如长三角二省一市的合作。合作治理可以大体上分为大行政单位主导型和平等互利型。大行政单位主导型的区域合作通常由一个地方政府提倡、推动，它承担了地方合作初次集体行动的成本，其从合作中的收益也会多于其他合作者。长三角区域合作属于这种类型，众多城市均以上海为区域中心城市。平等互利型的区域合作下各个成员平等，合作的关键在“互利”，即使不能获益，也要通过合作来减少损失，避免陷入恶性竞争。平等互利型合作大都以参与各方共同签署的行政协议为依据，最为常见的是“联席会议+部门间合作协议+办公室”模式，合作成本分摊，收益分享，能否维持合作是此类区域治理成功的关键。
