为适应区域治理的需要，区域治理机制的建设成为重要任务。从国家治理体系建设的角度，需要丰富政府体制的纵向和横向结构；从现代治理能力建设的角度，需要提高国家跨层级和跨行政区的协调能力。
在中国的国家治理体系中，政府系统是实现治理的主要载体，党的领导通过政府体系来实行。政府体系的结构分为体制和机制两个部分。体制是指正式的机构，包括各个层级的政府和每个层级政府的各个部门，以及承担公共管理职能的政府附属机构。机制是以一定的运作方式把事物的各个部分联系起来，使它们协调运行而发挥作用的制度安排。政府体系内的机制包括政府部门之间、各级政府间、平行政府间，以及政府与事业单位、社会组织及公民个人之间的沟通、协商、共同行动，乃至纠纷裁决等制度安排。
国家治理体系的中间环节
中国的国家治理体系是一个多层级、多行政单位构成的复杂体系。中国政府的体制在纵向从中央到乡镇有五个层级，在横向有省级政府之间、省级以下的市（地区）之间、县（市）之间，以及省与外省的市（地区）之间、市（地区）与非本市（地区）的县（市）之间的关系。这个复杂体系在运行过程中，除了依据行政隶属关系和行政辖区的行政行为之外，还有大量的跨行政层级和跨行政区的行政活动。前者是指高级别的政府或部门对低级别的政府或政府部门跨层级的领导、指挥，比如为实现某项重大治理任务而建立的“领导小组”，其成员不仅有一级政府的领导人、相关部门的负责人，还包括所辖下一级政府的领导人和相关部门的负责人。后者是指地方政府间或政府部门间的协调与合作，比如地方间的合作协议、部门间的联合发文等。因此中国的政府体系里存在亚层级和跨行政区治理机制，这些中间性的治理机制的主要功能是跨部门治理和区域治理。
作为国家治理体系的中间环节，区域治理发挥着独特的作用。在中国，区域是国家与地方之间的中间层次，位于纵向政府层级体系中某两个层级间，例如长三角区域位于中央与沪浙苏三省市间。区域的范围大小不一，但都涵盖了若干行政区。国家的空间发展战略以区域为载体，中国的区域发展总体战略就是把全国分为东中西和东北四大板块。由于区域位于政府层级的中间，又是跨行政区的，区域治理无法直接使用政府体制，而是以机制方式，通过不同层级和不同地方政府间的沟通、协商和合作来实现。跨层级的政府合作和跨行政区的地方合作共同构成区域治理的内容，中央、区域、地方共同构成国家治理体系的空间结构，区域治理需要中央与地方共同参与，需要不同地方政府间的合作。多方参与形成有效的区域治理是国家治理能力的一种重要标志。
