（三）团体利益的狭隘性与公共意志表达的矛盾
"对于组织而言，独立或自治也创造了作恶的机会。组织可能利用这样的机会增加或维持不公正而非减少不公正。它也可能损害更广泛的公共利益来促进其成员狭隘的利己主义，甚至有可能削弱或摧毁民主本身。"农村民间组织是具有自愿性、公益性、服务性的组织，自愿性一方面意指组织成员的自愿参与和退出，不具有强制性，另一方面意指农村民间组织具有极大的包容性，凡是符合条件的村民都可以参与；公益性和服务性也可以从两方面理解，一是指一些具有公益心的成员依靠组织的力量为组织内部和组织外部的人员提供公共产品和公共服务，二是仅指组织为组织内部成员提供所需要的公共产品和公共服务，是为狭隘的团体利益服务的。由于利益多元性的存在，组织多元主义也相伴而生，利益取向不同的村民为了有效的表达和促进自身利益，而民间组织能够为其表达和促进利益提供渠道，他们便会选择加入这一个或另一个组织。而组织又创造、促进、保护、加强某些成员的某些利益，"通过强调由组织或局部收益所强化的自我导向，组织多元主义有助于在政治角色中产生一系列的观念和信仰，甚至是持续的政治文化，其中共同的、公共的或广泛享有的种种利益的缺乏就内在于组织自身的逻辑之中。"这样，狭隘的团体利益便会阻碍公共意志的表达，公共利益便被消融在团体利益之中。
（四）资金短缺和人才匮乏与发展需求之间的张力
农村民间组织还面临着资金和人才方面的困境。农村民间组织作为第三部门组织，具有非营利性的特点，其资金主要来源于其成员会费及社会上的捐助。农村民间组织由于其活动范围还仅限于一村或几个村庄范围之内，其成员较少，且多为贫苦的农民，依靠其成员的捐助，显然资金十分有限。而民间组织的合法化困境，和影响范围的狭小，难以得到其成员之外社会上其他人或组织的信任，能够得到的社会捐助也是十分有限。民间组织自身资金的捉襟见肘，也限制了其为农村提供公共产品和公共服务的能力，从而可能会导致其信任度的降低，进一步限制了其发展。除资金外，农村民间组织的发展状况在一定程度上还取决于其带头人或领导人物的能力。在市场经济体制下，农村精英一部分被体制化，纳入到基层政权系统，一部分非体制精英则多数进城打工，村中多留下些"386199"部队（即妇女、儿童和老人），农村民间组织难以吸收到大量的人才，也限制了其发展。
同时，由于资金和人才的匮乏及其自身面临的合法化困境，农村民间组织自身的组织建设还很不规范，缺乏规范的章程对其成员进行有效的约束，成员行为的随意性较大，进入与退出也缺乏规范，组织比较松散，在关乎切身利益的事情上有时也难以形成集体行动。大多数农村民间组织缺乏固定的活动场所，也没有专职的工作人员。组织内部缺乏民主管理的问题也非常普遍，组织的负责人多是指定的，选举只是履行一定的程序，理事会形同虚设，许多理事既不参与日常管理，也不参与重大决策，只有服从。就算是经正式程序建立的民间组织，由于多数村民文化素质较低、法律意识淡薄、组织能力较差等问题长期存在，一些基本的组织内部章程和守则细则、议事制度、工作人员奖惩机制和财务制度缺乏规范，无章可循，管理混乱。
农村民间组织发展之初就被认为是培育农村公民社会的重要载体和发展基层民主、村民自治的内源性组织资源。而农村面临的种种现实环境也渴望民间组织能擎起维护农民权益、供给农村公共产品和公共服务、对村庄进行有效治理的大任。但农村民间组织在资金和人才以及自身组织建设方面面临的问题致使农村民间组织心有余而力不足。这构成了农村民间组织发展困境之一。 综上所述，农村民间组织在发展过程中面临着诸多困境，致使自身发展步履蹒跚，我们理应对农村民间组织的发展情景颇感失望，也会产生对这一作为"村民自治、农村公民社会成长的重要生长点"的怀疑。但实际情形却恰恰相反，研究者们更是把农村民间组织的理性化建构作为村民自治的成长基础，也对农村民间组织的发展前景寄予了极大厚望。原因不仅在于农村民间组织的发展是民主需求的产物，更在于一系列动力机制为农村民间组织的发展提供了可能。
