人大荣誉一级教授、国发院社会系统工程研究中心学术委员会主任黄顺基指出，智库发展不仅要在理论上突破，还要在实践上突破，要将理论有效的转化为对实践的指导，再由实践经验反过来验证理论的准确性，对于这一循环性的过程，建议加入“协调控制方法”等。特别是针对当前国家和社会发展过程中的热点问题和复杂性问题进行前瞻性分析，必须用科学的、系统的方法解决问题。
中国信息经济学会名誉理事长、人大信息学院教授陈禹指出，近年来在从事具体问题的研究中发现，越来越多的问题应该从“方法论”层面寻求解决的方案，目前正致力于用复杂性方法研究经济学问题，用复杂性思维对现有经济理论进行反思，尤其是通过对亚当·斯密经济理论的认真研读，发现新古典经济学在指导现代经济建设方面的“不适性”。他强调复杂系统的基本理念，包括逻辑的复杂性、质的复杂性和多样性、视角的复杂性和多样性、层次带来的复杂性、时间带来的复杂性、信息带来的复杂性，等等。
人大信息学院教授方美琪指出，智库应该有宏观思维方法，有问题导向，不能“溜须拍马”，而是要找到关键的问题和可能的解决方案。还要求环境上的包容，要允许智库有不同的声音，从不同角度找问题。智库之间要允许观点激荡，不能让智库成为一方的“智力垄断”，而是要众多智库共同探讨、共同成长。
人大国发院研究员、社会系统工程研究中心副主任、公共管理学院教授张康之指出，应避免“智库大跃进”，考虑下一步如何解决运动式的、跃进式的发展所留下来的问题，要有一个“大筛选”过程，沉淀下来一些精华。智库的发展首重方法论。不要将智库办成“点子公司”，因为“点子”是相对孤悬的，点子和点子之间往往缺乏逻辑性，这就使得智库难免产出一些“自相矛盾”的策略，难以在整体上形成固定的发展思路。智库发展定位一定要准，要发挥“专家多、学术精”的优势，着重在“出思想”而不是“出点子”方面。
中国电子信息产业集团六所研究员刘维认为，近年来石化企业等生产事故频繁，天津港瑞海公司危险品仓库爆炸事故造成了巨大人员伤亡和经济损失。然而，在技术层面很多事故是可能避免的。事故频发的一个重要技术原因是：目前的控制类教材中存在理论、观点、方法的错误，用来指导工程设计的推荐数据同样不对，这些基础性、系统性、理论性的错误，误导了控制工程师的培养教育。采用错误理论设计的工业控制系统，必然埋下发生各类生产事故的隐患。为了提高生产的安全性，必需修正控制类教材中的系统性错误，重新改写教材。应当在一线工程师中，清理由教材问题造成的错误设计理念，介绍保证生产安全的正确设计方法，保障人民的生命财产安全。
林坚提出智库方法论的探索，包括系统分析方法、复杂性方法、实际调查方法、创新思维方法、信息数据挖掘方法、协同控制方法等。
