谭嗣同在《仁学》中说明了一个非常重要的政治哲学理论，这就是“仁——通——平等”的思想。“仁”这一概念是我国古老的哲学伦理学概念，其内涵也非常丰富，自孔子以来，历代儒家学者都对“仁”的概念有所阐述。谭嗣同也借助对“仁”的重新诠释，赋予“仁”以新的思想内涵，来表达他的宇宙观、政治思想和伦理观念。他认为“仁以通为第一义”[①]，“通”的涵义则以“‘道通为一’为最浑括”[②]，而“通之象为平等”[③]，即“通”的标志是平等。谭嗣同还指出“平等者，致一之谓也。一则通矣，通则仁矣。[④]”意思就是只有实现平等才能够实现“通”的理想，也只有实现了“通”，人们才能够最终达到“仁”的理想境界。可以说，平等原则，既是“仁”得以实现的手段，同时也是“仁”与“不仁”的区分手段。所以我们可以说，谭嗣同《仁学》中所阐述的核心思想实际上就是平等思想，这也是谭嗣同《仁学》的思想主线。
一、对封建伦理纲常的批判
谭嗣同的平等思想是建立在他对于封建纲常的批判基础上的。在他看来，封建传统的三纲五常导致了君臣、官民、父子、夫妻之间的地位的不平等，为了实现平等的理想，谭嗣同对封建纲常展开了猛烈的批判。
首先，谭嗣同揭示了封建纲常的实质。他指出：“中国积以威刑箝制天下，则不得不广立名为箝制之器”，“于箝制之术不便，故不能不有忠孝廉节等一切分别等衰之名。[⑤]”也就是说，封建纲常是专制制度束缚人民、压制人民的工具，是显而易见的不平等原则。而这种封建纲常之所以能够成为束缚、压制人民的工具，是因为“则赖乎早有三纲五伦字样，能制人之身者，兼能制人之心。[⑥]”甚至“名之所在，不惟关其口，使不敢昌言，乃并锢其心，使不敢涉想。[⑦]”“三纲之慑人，足以破其胆，而杀其灵魂。[⑧]”在他看来，这种封建纲常制度不仅限制了人的自由，更禁锢和扼杀人的灵魂，“其为祸亦暴著于世矣。[⑨]”
其次，谭嗣同针对封建纲常造成的种种不平等展开了批判。谭嗣同将三纲中的君臣一伦作为罪恶的魁首，在他看来“君臣之祸亟，而父子、夫妇之伦遂各以名势相制为当然矣。[⑩]”谭嗣同认为生民之初，本无所谓君臣，都皆为民，因“民不能相治，亦不能暇治，于是共举一民为君。[11]”既然君主是人民共举的，那么这个关系结构中，就不是君主来选择臣民，而应该是臣民选择君主，君主因此也就失去了高高在上的地位，而是“堕入凡间”成为一个与民众同等地位的管理者；从另一方面来说，既然君主与民众是同等地位的，而且君主是民众选择的，那么君主自然也可以为民众所放弃、废黜。对于君臣关系的这种论述直接动摇了封建王朝体制下的君主地位，在理论上废除了君权至上的理论合法性。而对于传统道德中的“忠”，谭嗣同则解释为相互负责的、平等的一种关系，而不仅仅是臣忠于君，而君也应该忠于臣民的期盼和君主的职位，“古之所谓忠，中心之谓忠也。抚我则后，虐我则雠，应物平施，心无偏袒，可谓中矣，亦可谓忠矣。[12]”如果君为独夫民贼，民却以忠待之，则是辅桀、助纣了。最可贵的是谭嗣同不仅仅停留在对君臣不平等、君主专制之祸的揭露上，甚至提出要仿效“汤武革命”，用革命手段推翻满族贵族的专制统治。
再次，谭嗣同对三纲中的“父为子纲”也进行了批判，他大力倡导父子关系的平等。谭嗣同的家庭生活塑造了他激越的品性，同时也让他对于家庭中各种复杂关系的深刻认识。他认为父子之间在地位上也应该是平等的，传统中的父为子纲实际上压制了下一代，起到了束缚和禁锢的作用，这种作用则直接应用到了君臣关系之间，形成了恶性的循环。他说：“君臣之名，或尚以人合而破之。至于父子之名，则真以为天之所合，卷舌而不敢议。[13]”封建纲常中存在着“父母配天”的思想，认为父母是天，是代表天管理子女的，所以子女应该尊天意，绝对遵从父母的旨意。谭嗣同对此反驳道，天下生民都是天生的，父是天生的，子也是天生的，父子双方应该平等相待。“父为子纲”还强调子对父尽孝，对于孝，谭嗣同从庄子所说的“相忘为上，孝为次焉”的思想出发，指出“相忘”即平等。谭嗣同甚至提出，孝的存在并不是天经地义的，“法尚当舍，何况非法；孝且不可，何况不孝哉？[14]”
夫妻关系的不平等也是谭嗣同批判的对象。谭嗣同为处于专制社会下的妇女所受的迫害鸣不平，对这些不平等现象进行了揭露和鞭笞。针对封建社会无视对妇女身心健康造成的巨大伤害而强迫妇女穿耳缠足，谭嗣同指出这是残毁其肢体的行为，是“尤杀机之暴著者也”[15]。为使妇女免遭肢体摧残之苦，谭嗣同积极倡导设立“不缠足会”。谭嗣同进一步批判封建社会百务不讲，却唯独把嗣续看成绝等的大事，这真是大谬误！不仅如此，由重视传宗接代而产生的重男轻女观念，真是“至暴乱无理之法也”[16]。谭嗣同揭露封建社会男子则妻妾成群，纵淫无忌，而女子一淫即罪至死，甚至“驯至积重流为溺女之习，乃忍为蜂蚁豺虎之所不为。[17]”
