此后，伴随着中国经济体制改革与开放不断向纵深化推进，基于市场选择缓慢形成的技术创新联盟已经远远不能满足国内进行技术追赶、推进产业结构升级、提高产业核心竞争力的发展需要，中关村在技术创新合作方面的成功模式被国内其他省市纷纷效仿，各级政府干预开始强力介入，国内技术创新联盟的发展路径逐渐由最初偶然的市场选择转为政府引导。
2008年以来，为了大力扶持关系国家战略安全的重点产业实现技术升级，突破发达国家对战略性高端技术的封锁，中国政府以已经成熟的产学研联盟为基础，引导建立了由领军型企业、供应商、客户、大学、科研机构等创新个体构成的重点产业技术创新战略联盟。到2013年为止，科技部累积批准了100多个国家级联盟，与此同时，各地方政府也推动成立了一大批省市级联盟。经过几年的发展，这些联盟引领国内重点产业技术升级的作用正在显现。虽然中国市场契约规则体系的不完备性随着经济体制转型而日趋改善，但是，至少从当前来看，较强的政府干预仍是推动中国技术创新联盟构建的主要力量。
中国经验在主观博弈模型中可以得到很好地解释。仍然假设只有A、B两个创新个体，他们被限定在经济社会转轨、市场契约体系不完备（0<c<1），以及拥有权威性政府的这一中国特定的场域内，两个个体拥有共同的k（0<k<1）。就当前国内的经验估计来看，0.5<k<1，表明相比于市场选择，政府干预对国内技术创新联盟的快速构建作用较大。另外，在国内各级政府推动建立的重要技术创新联盟中，多数联盟参加者具有国有身份：国有企业、公立大学、国有转制的科研院所等。目前，这些具有、部分具有或者曾经具有国有身份的创新个体在中国技术创新联盟构建中处于主导地位，由他们参加的创新合作更容易基于权威政府的公信力，建立快速信任，从而通过主观认知形成共有信念，促进创新个体和创新要素在政府搭建的联盟规则平台上聚集并展开合作，从而增强了联盟内学习能力，降低了创新合作的交易成本和风险，技术创新联盟更容易快速达成。
虽然政府干预有利于技术创新联盟在短期内实现快速构建与充足供给，但是，也存在问题需要克服。与其他创新个体一样，对于产业技术创新，国内各级政府也有自身的目标偏好。这些目标偏好与企业目标并不总是一致的。各级政府可以通过操纵个体信息交流平台上创新要素的数量、流动速度与方向，进而影响创新联盟构建的结点及连接方向。当政府与企业出现目标出现不一致时（例如，政府往往更偏好产业共性与关键性技术突破等长期目标，而企业更偏好应用性技术创新等短期目标），政府由科研项目审批、经费投入、鉴定评级，以及税收优惠等政策组合形成的强大引导力量，加上大量创新个体的国有或者准国有身份，就很可能使政府目标在联盟创新选择中胜出，企业目标追求则被置于次要地位。因此，与基于市场选择自发形成的技术创新联盟相比，政府引导的联盟很难像前者那样，内生出利润最大化的动力机制，政府目标偏好往往会干扰联盟成员对市场选择的快速反应，企业目标与政府偏好不匹配，从而导致技术创新联盟绩效低下。国内经验显示，这是政府引导构建的技术创新联盟当前面临的主要问题。如何使市场之手与政府之手对联盟调节的边界更加清晰，避免出现越位与缺位现象，是待解的难题，需要进一步的学术探索。
（作者为沈阳化工大学经济与管理学院副教授；本文系资助项目：本文系资助项目“辽宁省科技厅软科学项目”研究成果，项目编号：2011414006）
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