(三)政府内部协调与整合困难重重
整体性治理在协调与整合阶段要面临“行政人员对协调整合范围的认知”、“立法者司法者对协调与整合的影响”、“不同管理机构在相同管辖范围内将妨碍水平协作”、“中央与地方垂直整合”等整合中的障碍问题。在一些国家的整体性政府改革中，大部门的成立在某种程度上将大量的工作转向内部，以期减少部门之间的协调成本。然而，在实践过程中，大部门内部的协调工作依然没能有效运转，很多预期的改进没有得以实现。我国虽然实行了大部制改革，但改革后的一些“大部”，表面上是一个部，但在部内，各个部门还是貌合神离，难以发挥应有的职能。整体性治理表面上看似通过部门的协调与整合实现了对碎片化问题的解决，但并没有从本质上实现社会多元治理的整体性与一体化。
(四)治理责任的归属困境
在整体性治理框架下，多元治理主体的交互与渗透使治理主体间的疆界日渐模糊，进而会导致责任认定困难与指向不明，在共享权力的同时也将带来责任相互推诿或责任转嫁等问题。整体性治理所期望建立的是部门内部的有效协调与整合，使得多元治理主体交互渗透，从而让“一站式”甚至“一窗式”服务成为现实。然而，通过模糊各部门间的边界实现部门之间的整合在现实中也导致了责任归属的认定模糊不清。如果整合后的政府部门内部责任不明确，就会导致整合后的部门内部责任归属不清，整合所期望达到的效果也最终无法实现。看似通过整合解决了治理与服务的碎片化问题，但实际上，因为整合而带来的责任归属认定不清反而削弱了治理与服务的能力与水平。从不少国家整体性治理的实践来看，整体性治理模式在协调与整合的实践中并没有很好的回应公共服务供给中的碎片化问题，有时候不适当的协调与整合方式还会将政府部门推入责任混乱的困境。
(五)整体性治理，补充抑或替代？
在公共服务与社会治理领域，长期以来充斥着“范式转换”的概念。作为一种强调整合、协调的治理理论，整体性治理在很大程度上是对新公共管理运动形成的碎片化现象的纠正。但一些专家学者认为，整体性治理是对新公共管理的替代。整体性治理真的是一种替代新公共管理的新范式吗？实际上，范式是一种很难界定的东西，转换的过程无从察觉。从一种“范式”变为另一种“范式”，是一种神秘的转变，这种转变不受、也不可能受理性规则的支配，是完全属于发现的社会心理学范围之内的。我们在界定“范式”时，实际上并不存在着“普遍接受的理论依据”和“普遍接受的使用方法”，因而，也就没有人能够提供证据，更无法证明新的范式已经产生。作为一种应对新公共管理碎片化问题而产生的新的治理模式，较强的目的性束缚了整体性治理的视野，期待其解决社会治理中的所有问题是不可能的事情。我们认为，在社会治理中，各种治理方式相互渗透、相互影响、相互作用，是一种“你中有我”、“我中有你”的互补关系。整体性治理，如同其他社会治理模式一样，是对新公共管理的一种必要的补充与完善，而不应被认为是一种简单替换新公共管理的范式。
