第三，农民的收益、发展和保障权受到损害。农民对土地的占有、收益和处分权的缺失，致使其收益、发展和保障权受到损害。目前农村地区普遍存在土地所有主体模糊化、使用主体易变化、市场经济中农民市场主体地位虚化、处置权形同虚设等问题。综合下来，许多地方的农民只能得到被征收土地收益的很小一部分，这其中就涉及农地改变使用性质带来的收益分配问题。由于在我国这个农民占大多数的国家，土地就是农民生活的保障和生存发展的根基，农民一旦失去赖以生存的土地，将引发很严重的社会问题，农民的社会保障如何解决就是最现实的一个问题。城市化和城镇化不断推进，城镇不断吞噬着农村的土地，大量农民被上楼，挤进城市，失去土地，没有完善的社会保障，如果不能够为这些牺牲土地而换取城市发展的市民提供有效的保障，长此以往必将引发大量社会问题。
政府在农民土地权益保护中的责任与问题。第一，缺乏较为完善的村民自治制度和模式。村民作为经济活动中的个体，其经济权利是必须要保障的，这就需要建立并逐步完善村民自治制度和模式，使其成为保护村民权益的组织载体。自治权是人权的重要内容，是人权主体享有其他权利的条件和必要基础，我国农村的村民自治制度尽管在一定程度上使农民享有一定的自治权利，但还存在很多问题。
不可否认，在实际生活中一些村民自治的异化歪曲现象十分严重，而目前我国宪法、法律法规及地方规制对农民自治权利的规定不够清晰明确，这就造成了村民集体所有的土地遭到某些组织的不法侵占。目前的法律并未针对此类现象作出明确的回应，致使实际操作中由村委会的少数委员来决定土地的征收和流转等事项，而作为集体土地的真正所有者—村民群众，非但不能享受土地的产权，有的甚至连最基本的知情权都不一定享有，直到征收转让完成后村民才被告知，这种情况下，村民的土地权益很难不被损害。村民自治制度是我国在改革农村产权制度时期的一项重要成果，是保障农村经济进步和发展的重要政治条件，因此保护农民的土地权益，在农村不断完善村民自我治理制度是一项必要举措。
第二，假借公共利益的合法头衔进行不法征地。假借公共利益的合法头衔进行不法征地是侵害农民土地权益的现实威胁。土地财政目前已经成为各级政府财政的重要部分，政府财政收入对土地的依附不断加深，由此产生了几个值得质疑的问题：政府增加财政收入是否是公共利益的范畴？政府为增加财政收入卖地是否合理？政府行为的合理性关乎着政府行政的合法性，中国城市化进程加速发展，土地市场化的节奏也随之加快，城镇人口的迅速增长对土地开发量的需求越来越大，城市土地紧缺，现在政府开始把目标指向农村。
如果政府的征地信息公开于众，并得到社会公众的支持，且与涉及民众通过协商一致达成共识，那么，此类征地是为公众服务，体现的是公共利益，其行为具有合理性和合法性。但是，如果政府没有得到民众的认同和支持，大肆圈地，毁坏环境，把农民赶出村庄，赶上楼，以公共利益的名义通过征地转卖给开发者，从中赚取巨额利润，那么，虽然政府在一定程度上增加了收入，提升了政绩，但是却忽略了农民的未来发展，其行为并不具有合理性和合法性。由于这个过程中行政者是政府，牵头者是政府，监督者也是政府，这就给农民维权带来很大困难。即使有途径维权，由于公共利益的模糊性，最终也往往以失败告终。与此同时，政府如果没有给出完善的保障制度，来保障失去土地的农民未来的生活，农民只能在无奈中丧失了自身对于土地应有的权益。
第三，政府财政对土地财政的依附一定程度上侵害了农民土地的权益。目前我国政策严格限制土地市场，尤其是一级土地市场，而政府在土地的市场流转中起着主导性作用。根据国土部统计，2013中国国土资源公报显示，2013年全国土地出让收入金额达到4.1万亿。土地转让和土地使用权收入占政府财政收入的比例都达到50%左右，有的地区甚至更高。土地财政的增收幅度远远高于税收收入的增长幅度，政府财政对土地财政的依附程度不断加强，这在一定程度上迫使政府不断征用土地以获得更高财政收入来维持财政支出和提升政绩。政府从农民手中征得土地虽然需要支付一定额度的补偿费用，但政府出让土地使用权的收入高达几百万，甚至上千万，近几年亿元以上的土地不断出现，土地市场价格不断攀升，但对农民的补助却没有同步增长。近年来，还出现了政府将公共服务用地转为工业用地的违法操作，政府以公共利益为目的取得低价土地，再转卖高价，从而获取巨额收入。政府自身对征用土地的利益需求，也在一定程度上侵害了农民土地权益。
规范土地征用行为，完善农民土地权益保障机制
目前我国在农村土地权益保护层面存在众多问题，这与政府的行政管理职能缺失有很大关联，比如，缺乏完善的监督和约束机制、科学的标准、完善的社会保障制度等。要改变目前农民的土地权益不断遭受损害的现状，政府具有不可推卸的责任。因此，必须规范土地征用行为，完善政府行政管理职能，切实保护农民土地权益。
明确界定公共利益，切实规范征地行为。放眼世界，可以清晰地看到，虽然目前在征用土地的公共利益与公共目的的界定上存在一定的技术难度，但是，坚持以公共利益为标准仍是目前世界上公认的防止国家行为侵害农民土地权益的最科学的标准，因此，对公共利益的界定就显得尤为重要。从目前公众认同的标准来看，公共利益的核心就是一定区域范围的人的共同需要。从大的方面来讲，比如国防、教育、医疗和就业等都属于公共利益的范畴，其中最多的是公益项目和基础设施建设。这样来看，公共利益的范围还是比较宽泛的，在实际操作中很容易被扩大范围。实际上政府行政就是要坚持这样一个准则：一切为了最广大人民群众的利益，而不是为了政绩和小团体利益。这样便能够分清部门利益与公共利益，防止侵害农民土地权益事件的发生。
完善土地征用标准，建立完善的土地征用补偿机制。目前，我国征用农民土地的补偿标准主要是依据近三年的土地平均产值，这是不合理的。土地一旦流入市场，就要依照市场标准来衡量。其实，国外土地征用过程中也会遇到类似问题，但他们的补偿机制已经发展得比较完善，比如在美国，对土地征收的补偿既包括土地本身的价值，还包括补偿土地附着物的价值以及未来发展的损失（搬迁费用、赢利机遇以及丧失的联系和感情）。给予土地所有者的补偿费用里面不仅有土地的征收费用，而且还包括了因为土地征收而间接造成的损失。
