四、切实注重改革的系统性、整体性、协同性，在相互配合中促进改革
《决定》明确指出：必须更加注重改革的系统性、整体性、协同性。习近平总书记也一再强调，全面深化改革是一项复杂的系统工程，需要加强顶层设计和整体谋划，加强各项改革关联性、系统性、可行性研究。他要求：“我们要在基本确定主要改革举措的基础上，深入研究各领域改革关联性和各项改革举措耦合性，深入论证改革举措可行性，把握好全面深化改革的重大关系，使各项改革举措在政策取向上相互配合、在实施过程中相互促进、在实际成效上相得益彰。”把握系统性、整体性、协同性这“三性”是改革重要的方法论，这一方法论有丰富的内涵。
第一，改革的系统性、整体性、协同性要求我们必须注意不同领域改革的互补性，注意改革措施在时间上的变异性。2013年11月24—28日，习近平在山东考察工作时指出：“要准确推进改革，认真执行中央要求，不要事情还没弄明白就盲目推进。要有序推进改革，该中央统一部署的不要抢跑，该尽早推进的不要拖宕，该试点的不要仓促推开，该深入研究后再推进的不要急于求成，该得到法律授权的不要超前推进。要协调推进改革，注重改革的关联性和耦合性，把握全局，力争最大综合效益。”要正确理解改革的内涵，使改革举措产生符合人民利益的效应。否则，会适得其反。比如，三中全会的《决定》指出：“保障农户宅基地用益物权，改革完善农村宅基地制度，选择若干试点，慎重稳妥推进农民住房财产权抵押、担保、转让，探索农民增加财产性收入渠道。”于是，有的人就解读为“小产权房”可以放开了、合法了。这是片面的理解。
第二，改革的系统性、整体性、协同性要求我们坚持改与不改的辩证统一。习近平同志回顾了我国30多年来改革的历史进程，明确指出：“我们的改革本来就是全面的改革。我不赞成那种笼统认为中国改革在某个方面滞后的说法。在某些方面、某个时期，快一点，慢一点是有的，但总体上不存在中国哪些方面改了，哪些方面没有改。问题的实质是改什么，不改什么，有些不改的，不能改的，再过多长时间也是不改，这不能说不改革。”这一论断实际上是把改与不改有机统一在了一起，是符合马克思主义辩证法的科学思想。改什么?一切不利于社会主义制度完善与发展的体制机制都要改，一切不利于社会主义生产力发展的制度规范都要改，一切不利于人民生活水平提高的规章制度都要改。不改什么?一切有利于社会主义巩固与发展的根本制度和基本制度，就不应当改，而是要不断加以完善。
第三，改革的系统性、整体性、协同性要求我们以制度的成熟定型为中心使重要领域和关键环节的改革在2020年取得决定性成果。《决定》指出：“到二0二0年，在重要领域和关键环节改革上取得决定性成果，完成本决定提出的改革任务，形成系统完备、科学规范、运行有效的制度体系，使各方面制度更加成熟更加定型。”《决定》始终抓住重要领域和关键环节来进行制度建构。如关于到2020年建成创新型国家，《决定》提出了推进科技体制改革的系列化的举措：建立健全鼓励原始创新、集成创新、引进消化吸收再创新的体制机制，健全技术创新市场导向机制，健全技术创新激励机制，建立产学研协同创新机制，建立主要由市场决定技术创新项目和经费分配、评价成果的机制，健全技术转移机制，完善风险投资机制，完善政府对基础性、战略性、前沿性科学研究和共性技术研究的支持机制，构建公开透明的国家科研资源管理和项目评价机制。这十几个机制的建立、健全和完善将有效地推进创新型国家建设。
