在实际操作过程中，我国公务员聘任制仍面临不少问题。首先，我国聘任型公务员在概念和定位上都比较模糊。比如，在我国公务员范畴中，领导职务主要指政务类公务员，非领导职务主要指业务类公务员。在传统文化语境中，前者大致与“官”相对，后者则大致与所谓“僚”或“吏”相对。在古代，“吏”被看作是官府的雇员，而兜兜转转中不过是想说明聘任制公务员主要指业务类公务员，可以看出聘任型公务员概念定位不够直接明确。
第二，我国聘任制公务员的实施使公务员的原有保障被打破，但在聘任制公务员工资、福利、保险等各方面却仍然没有明确的规定，使得聘任制公务员在安全感和稳定感上不够，对提高聘任制公务员工作积极性很不利。
第三，聘任型公务员又被称为“临时”公务员，而“临时”这种设定则会大大打击聘任型公务员，导致其很难产生归属感，在工作中可能比较缺乏献身精神。且聘任型公务员可能由于不够专业，工作质量不高，对行政管理的局部质量有一定影响。同时，聘任型公务员由于不稳定性心理压力比常任公务员更大，甚至会产生一定的心理不平衡感，影响政务工作的顺畅进行⑤。
第四，作为行使国家公共权力的职业，为人民服务是公务员最基本也是最重要的特征，在传统的观念中，公务员对人民负责，是人民群众对国家公共权力行使的代表，是高尚的，因此有些人对公务员聘任制无法理解，也无法接受聘任制公务员的雇佣性质⑥。
完善我国公务员聘任制改革的建议
增强公务员聘任制改革的内在动力。公务员聘任制已经受到法律的确认，各地也已经开始试点实践和探索，从大趋势上来说公务员聘任制的实施是一种必然趋势。因此，要进一步深化公务员聘任制改革，就必须对公务员聘任制改革内在动力进行增强。我国政府应对广播、电视和报刊等各种新闻媒体充分加以利用，对舆论宣传和政策解读有计划、有重点地加强，为公务员聘任制改革营造良好的舆论氛围，提高人们对公务员聘任制改革的认识，加深人们对公务员态度的理性，让人们对公务员聘任制改革重要性与必要性有充分认识。与此同时，应在改革初期，对增量改革等办法加以采用，将聘任制的实行先付诸在新进入公务员队伍的人员身上，一步步地将利益群体带来的阻力解决掉。目前深圳的公务员聘任制改革正是如此，这种方法不仅给现有的公务员施加了相对压力，同时表明了公务员聘任制的灵活性。对于公务员群体中自愿从常任公务员转为聘任公务员的人员应给予一定补偿，并积极地鼓励和支持这些人，在逐渐的改革中，慢慢扩大聘任制的推进范围。
建立完备的公务员聘任制制度框架。国外公务员制度改革留给人们的共同经验在于建立完备的制度框架，我国公务员聘任制改革刚刚起步更应该完善制度框架。西方国家在对公务员制度基本法进行制定的同时，会同步制定各种单项法规及具体的实施细则，因此我国也必须抓紧完善公务员聘任制的框架⑦。我国对公务员聘任制配套细则和法律法规的完善应立足《中华人民共和国公务员法》，另一方面我国还必须抓紧出台《改革方案》和《管理办法》，为各地各部门公务员聘任制的展开提供指导依据和改革方向。在公务员聘任制的试点方面，政府应依据经济发展水平分类给出明确的试点范围，对有代表性的省市实行公务员聘任制试点。此外，还应该做好详细的公务员聘任制改革的时间表及路线图等，确保公务员聘任制改革过程更加有目的、计划和步骤性。
完善聘任公务员职位分类管理制度。我国在公务员聘任制改革的过程中，应树立公务员多元人生价值，对公务员职位分类管理制度加以完善。我国在对聘任公务人员进行管理时，可以将其直接纳入技术类公务员中，将常任制与非常任制公务员职位有机结合起来，以使政府人力资源在配置上更加合理。有一类公务员在西方国家在公务员的分类中被称为专业技术人员，而我国很多地方政府在公务员的聘任方面都是对具有专门技术的专业人才的聘用，这些人与西方国家技术人员基本一致，所以在这些聘任公务员管理方面可以对西方的管理制度加以引入和借鉴，将这些人员作为专门的技术类公务员。满足我国加入WTO后政府对人才的需要，是我国公务员聘任制最初的动因，但是我们必须了解的是，政府在加入WTO后对专门技术人才的需求是长久的，而非一年或几年的事。所以我国应好好利用公务员聘任制改革这一契机，对专门技术人才新陈代谢的机制加以建立，对中国公务员分类制度加以改革，在公务员制度体制之内不断吸收专业技术人才。在实践探索公务员聘任制的过程中，我们可以将公务员聘任制中的合理因素与我国当前的公务员体制合理结合起来，这样一来可以免除两种机制运作，减少运作成本，同时也可以对当前公务员制度内的体制资源进行开发。此外，还应该从更宏观的范围对专门技术类公务员进行分类，以促进我国公务员聘任制更加完善⑧。
转变传统思想，平衡常任与聘用人员的关系和心理落差。因为之前的《条例》和《公务员法》已经使用了十几年，人们对这些条例和规范早已习惯，尤其是公务员接受了这么多年的模式和想法很难一时改变，因此在新公务员法的实施方面必定会很不适应，甚至会阻碍新公务员法的实施。针对这些问题，相关单位应及时组织公务员对新公务员法进行学习，可以充分利用各种讲座，知识竞赛等形式提高公务员对新公务员法的学习兴趣和理解程度，并将其运用到工作中。在学习过程中需注意的是不能将学习流于形式，而需要每一个公务员都能对公务员法的有关规定有真正的了解和感受。促进政府和公务员为人民提供更好的服务，是公务员法制定的本身意义⑨。作为人民的公仆，公务员的服务对象是人民，因此平常百姓也应对公务员法有一定认识，以更好地监督公务员的服务和公务员法的实施，创造全民懂法的社会和谐环境，为公务员聘任制改革奠定更广泛的群众基础和思想准备。
