尽管我国智库发展已经取得长足进步，但不可回避的是我国智库发展还存在着提升空间。
智库整体发展水平亟需提升
高质量智库建设滞后。尽管宾夕法尼亚大学智库评价团队存在着数据收集和方法上的缺陷，但其评价结果大致反映出中国智库在全球智库发展中的影响力还有很大的上升空间。在亚洲排行榜中，中国大陆获6个名次，印度获5个，日本和新加坡各4个，澳大利亚、韩国、马来西亚和印尼各2个，孟加拉、乌兹别克斯坦、中国台湾地区和香港特别行政区各1个。无论从经济规模还是人口、国土面积等考量，这一结果反映出的中国智库发展状况，尤其是高质量智库的状况都是和我国经济发展的基本情况不相称的。
中国智库整体发展水平不平衡。多数省市区及重点城市社科院和高校下设的政策研究与咨询机构的思想产品产出能力，尤其是高水平思想产品产出能力与国内外知名智库存在较大差距。地方政府理解、细化、执行国家层面公共政策的情况，直接影响了国家层面公共政策的实际效果。因此，提升这些地方智库的发展水平，就和建设高质量智库一起成为影响中国智库整体发展水平的重要方面。
智库经费支持存在双重不足
中国智库发展面临政府资助和国内社会支持双重不足的问题。2009年《瞭望》杂志一个关于中国智库发展的调研发现：“一家半官方研究机构，其经费来源中来自主管单位的资金只占2%；委托课题费用占27%；一家美国慈善基金和一家德国跨国企业的资助共占63%。”虽然这家智库的经费结构并不代表我国智库经费来源的总体情况，但基本反映了中国智库经费来源双重不足的现状。
中国智库经费支持的双重不足引起国外资金的介入。美国智库发展经费主要来源于政府委托课题资助和社会捐赠，而且整体上后者占较大比例；德国智库的发展80%以上依靠政府全额资助。中国政府资助和社会支持双重不足，必然导致智库寻求其他的经费来源渠道。近年来，跨国公司与国外基金的支持力度逐渐增多，中国智库经费支持既要增强政府资助支持力度并做好在各类型智库间的合理分配，又要为国内社会资金支持创造良好环境，逐步培育社会支持智库发展的风气。
智库参与制度化有待加强
我国已经基本建立了决策咨询制度。国务院各部委及各级地方政府大多成立专家咨询委员，建立相应决策领域的专家库，并制定专家咨询委员会工作制度（条例），规范了决策咨询的适用范围、工作程序、咨询形式、激励机制等。
但是，据中组部“建立决策咨询机制”研究组在浙江、江苏、广东、上海等13省、直辖市和自治区的调查发现，“开展得不平衡，主要靠领导推动”与“缺少对专家的激励约束和咨询效果的评估”是目前公共决策专家咨询中存在的主要缺陷。持上述两种观点的被调查专家分别占48.2%和53.7%，被调查省直相关工作人员分别占56%和61.5%，被调查县市工作人员分别占61.3%和53.2%。可见，智库参与的制度化仍然受限于领导的推动力和智库评价的滞后导致的参与低效现象。
同时，智库参与决策咨询在实践中还会遭遇以下问题：某些地区对重大事项界定不清，决策者有选择地对重大事项进行决策咨询；决策咨询需求不公开透明，有选择地确定决策咨询机构或专家个人；决策咨询过程和结果并没有形成完善的记录和档案管理，导致决策咨询缺乏责任追究机制；决策咨询工作走过场，智库或智库成员成为决策者的附庸和利益代言。这样的决策咨询现状，反映了智库参与的制度化不仅仅是参与文件的制定，更重要的是把政策真正地落到实处。智库参与决策咨询制度本身不健全，或者因不细化而有漏洞，就会减弱智库决策咨询参与的实际效果。
