政企分开，形分实不分
政企分开，应该是政府在内部管理中，彻底剥离出内在的企业机构和市场机制的痕迹，使政府保持行政机构的单一性，在外部管理中，运用宏观手段对企业进行必要监管，远离企业的微观管理和运行，使企业拥有市场运作的独立性。但是，现实中政企不分的状况以各种形式依然存在。如电力局从事部分电力事业经营，又对电力事业进行监管，既是裁判员，又是运动员；住建委园林处既管养护，又管绿化，管养护是事业单位，管绿化是企业，一套人马两块牌子;环卫处被要求企业运作，结果行政单位、事业单位、企业都不像，机构没有代码证，事业没有法人证书，企业没有营业执照;审图中心过去已经从政府部门剥离出来成为企业，却又被要求全部改为政府下属的事业单位。
简政变味，变“跑几地”为“跑几趟”
设立行政服务中心的目的，是通过建立集约型行政架构、扁平化行政层级和无缝隙行政流程，压缩行政环节，简化行政手续，提高行政效率，方便企业、社会组织和群众。但是，一些行政服务中心组织架构和运行机制的创设却与此南辕北辙。如，行政服务中心的管委会和制度框架构筑了又一个行政层级，在各个政府部门之上增设出另一套管理体系，在某些方面增加了行政成本。许多政府部门派驻中心的是科长、办事员，甚至实习生，他们要么没有拍板权，要么不懂业务，群众去中心办成业务，至少需要跑3-5趟。中心回应群众诉求，往往依据的是领导说行不行，而不是法律或者制度规定行不行。
权责义务关系不健全，企业基层很无奈
在政府职能转变中和转变后，建立健全政府与企业、政府与个人之间的权责关系和权利义务关系，形成各司其权、各负其责，各享其利、各尽其义的有序格局，是一项重要的后续性措施。但是，仍然存在政府与企业权责不清，政府与个人利义不明的问题。如在政府与企业的关系方面，双方都应该是质量安全的责任主体，而由于质量安全监管权责体系不健全，政府承担了几乎全部的质量安全责任，必然想尽一切办法控制企业，导致“二十几顶大盖帽管一个安全帽”，“戴各种颜色箍的都管企业，唯独戴黑箍的不管”。在乡镇政府管理方面，农业税取消后，农民的义务责任意识淡漠了，只有权利诉求，造成领导指导没手段，对农民的管理常常陷入一筹莫展的状态。
职能下放后管理效率难以保证
政府职能从国务院往地方政府下放后，应该采取措施保证地方各级政府在人力资源上具备接手的能力，否则，一旦基层政府出现人力资源不足的情况，必将造成行政效率和行政水平的双降低。而现实中，基层政府人员编制和素质与履行政府职责要求相差很大，“基层政府回应问题意愿与能力不足，回应滞后、管理越位与缺位、管理方式落后现象普遍存在”，政府管理的效率和水平难以保证。如市县两级政府存在人员编制少，高素质人员少的双重困难。市县级政府的专业部门和开发区管委会，普遍存在两个扭曲现象：一是由于编制少，编外人员承担编内的职责，甚至编外人员成为履职的主体;二是由于基层政府吸引不了高素质人才，往往是非专业人员从事专业工作，聘用村官或者非专业大学生进行管理。基于双重困难和两种扭曲，基层政府事务管理的专业化和科学化水平不高。
