以人道和理性为指导治史
茅先生不仅提倡人道和理性，告诉治史者如何掌握人道和理性，而且以人道和理性为指导中国近代历史研究，得出了许多新的、独到的见解。
站在尊重人的价值和尊严的立场，茅先生专门对“忠王不忠”论这个曾经影响很大、很权威的观点进行了辨析，对太平天国后期的重要将领李秀成的晚节作出了全新的评价。茅先生认为：“忠王不忠”论，在理论上和思辨方法上都是肤浅的。从理论上看，对“忠”的概念并没有弄清楚；从思辨方法上看，没有具体分析李秀成的行动和思想的实质。茅先生对“忠王不忠”论的全新解释，反映了他的人道主义精神和理论认识，虽然存在一些值得商榷之处，但也是一家之言，让人耳目一新，颇受启发。
茅先生在以人文精神为指导研究中国近代史的同时，他也重视以理性为指导，研究历史，得出了不少新论。
他在书中几乎每一篇笔记中都重视挖掘中国历史上思想文化、理念在中国社会发展中的作用，对于中国近代史上的启蒙运动、先进思想的作用进行了详尽深入的分析。
茅先生以理性为指导研究历史，不仅表现在对中国文化思想观念在历史发展中的作用的研究，而且还表现在实事求是地、理性地评价历史人物和事件，不为尊者讳，不为贤者讳，不趋时，不随波逐流，该肯定的就肯定，该批评的就批评，保持自己的独立判断和求实精神。全书这方面例子比比皆是。
最能反映茅先生坚持理性精神的是他对太平天国的历史作用的评价。最近一些年来，全面否定太平天国的历史作用几乎成为学界的时髦。一生研究太平天国的茅先生却不像有些学者迎合这种时论而改变自己的看法，坚持理性地评价太平天国的历史作用。他认为需要放开学术视野来观察太平天国农民起义对中国历史发展的作用。他提出：没有太平天国农民起义，就没有1911年的武昌起义和1912年的中华民国建立。
