村民自治在中国农村普遍推行以来，农村基层的社会主义民主政治建设和经济社会发展都取得了具有历史意义的进步，农民的民主意识和农村的面貌也发生了巨大的变化。但是我们也知道，村民自治在30年左右的发展进程中还存在各种各样的问题，出现了发展中的困境，这些问题和困境有的是由于制度不健全或基层干部和农民群众的民主意识不强造成的，有的则是由于某些人明目张胆的腐败和蓄意破坏造成的。毫无疑问，在很长一段时间内相关政府部门和学术界对这些方面的关注是正确和必要的，但是要认识和理解当前中国村民自治的困境，仅仅看到这些相对主观的因素是不全面的。
当前中国村民自治发展中的困境，还有很大一部分是由当前中国发展的时代特征客观决定的。当前中国发展最主要的时代特征是大规模的快速城市化，改革开放30多年间，中国的城市化水平已经从20%左右提高到了51%，这个速度在全世界排名第一。这一特征深深影响了村民自治的方方面面，客观上加深了当前村民自治存在的困境，当前中国快速的城市化对村民自治的客观影响至少有以下几个方面：
农村社区变动不居
快速城市化使中国农村处于一个剧烈变动的时期。虽然由于各地城市化的进程和速度并不一致，各地农村社区的形态千差万别，但有一点是肯定的，那就是中国所有的农村都处在一个高速变化的时期，农村社区呈现多样化而且变动不居的状态。除一些农村还保留着传统农村社区的特征外，在远离城市的农村地区出现了空心村现象，在城市近郊出现了城乡转换过程中的社区、楼房化的农村社区、非农化的农村社区和农村中的农民工社区等多种形态。农村社区的高速变动可以从城乡转换过程中的社区和楼房化的农村社区中得到充分体现。
城乡转换中的农村社区主要在城市近郊，一方面农民的宅基地和耕地已经完全出让，不再具备从事农业生产的条件，开始向非农产业转移；另一方面，农民的生活条件大大改善，已经完全市民化，在楼房集中居住。社区组织有的已经完成了“村改居”，正式更名为“居民委员会”。有的在保留原村民委员会的同时成立居民委员会，出现了村民委员会和居民委员会并存的局面，使村民自治呈现出全新的特点。在“村改居”的过渡时期，基层政府尚未触动原有的利益格局和人事安排，保留了原行政村的村民委员会，将大部分重要的社区事务交予原来的村组织解决。村委会不仅继续行使着原村民委员会的部分自治功能，还对原行政村的公共事务进行管理，为社区居民提供社区服务，如养老保险、医疗保险、计划生育等。社区居民委员会的成员由基层政府直接任命产生，很多村民并不清楚社区居委会的职责所在，甚至并不认识居委会的工作人员。
楼房化的农村社区的特点是实现了农民居住的楼房化和集中化，基本生活条件正在向城市化的方向发展，居民社区打破了原行政村的空间，一般是几个村或多个村形成一个新社区，村民或村集体保留较多的耕地，农业收入仍是农民家庭收入的一个构成部分。这类农村社区从地理位置上看，有的毗邻市区或城镇，成为市区或城镇在空间上的延伸部分，有的则在农村就地实现楼房化，但有一个共同特点就是仍然保留较多耕地，多数家庭仍然从事农业生产。在楼房化的农村社区中，这些社区原有的地理位置、空间布局、社区规模和社区成员等都发生了很大的变化。这些变化也意味着管理体制即将面临许多新课题：原有的农村社区管理体制是以村民委员会为载体的村民自治，而现在的一个楼房化的居住小区可能容纳了原来的好几个村民委员会的村民，原来一个村的公共事务现在变成了好几个村的公共事务了，农民的居住模式由独门独户的小院变成了涉及更多公共性的单元楼房，人们所关心的公共事务的内容也将发生诸多变化。在当前村民自治尚不完善的情况下，这些村民在新的社区如何实现“自我管理”、“自我教育”和“自我服务”呢？如果涉及到村委会的合并或者成立新的管理机构，能否保障村集体的资产和农民的利益不受损失，以及如何在新老机构间实现平稳过渡？
城市化进程中使农村社区形态呈现出了多样化的特点，多样化和新型化的农村社区在有效实现村民自治方面正面临着全新的困扰和挑战。并且，在中国快速城市化的大背景下，这些多样化的农村社区并非静止不动，而是仍然处于不断变动之中。原有的农村社区不断被打破重组，农民原有的生活场域不断地发生时空转换。
传统农村的居民世代聚族相居，人口相对固定，每个农村都是一个天然的利益和生活的共同体。但是快速的城市化进程打破了这种千百年来的天然共同体，全国各地推行的撤村并点、楼房化和宅基地换房等各种小城镇建设模式，都无一例外地要求新的社区扩大规模，把多个原有的农村社区居民合并集中在一起。集中居住对于改善生活条件、提供公共服务和基础设施建设提供了便利，节省了成本。但是对于新的社区来说，除了原有的一些集体利益需要重新分配调整外，更重要的是重建社区意识和管理机构。建立管理机构相对容易一些，但是培育新的社区认同意识、建立新的和谐社区恐怕就需要更长的时间。村民自治是一种基层社区自治，社区需要稳定的边界、空间环境和社区意识，成熟的社区自治是建立在相对稳定的社区共同体基础之上的。快速城市化使中国农村社区变动不居，这怎么能够实现有效的社区自治呢？
自治主体经常缺位
传统农村的一个鲜明特点是人口流动性小，基本上不发生大规模的人口流动。但是当前处于快速城市化进程中的中国农村，快速的人口流动成为其主要的一个特征。根据《2012年全国农民工监测调查报告》的统计，2012年外出农民工达到16336万人，增加473万人，较上年增长3%，其中举家外出农民工3375万人，增加96万人，增长2.9%。农民工的大规模外出就会在流出地的农村大量出现空心村和农村社区衰败的现象。
当前全国大部分农村都有“空心村”现象，特别在我国中西部民工劳务输出省份如安徽、湖南、河南、四川等表现尤甚。这些省份大批农民工长期举家外迁，房子、土地长期闲置在农村。空心村最大的问题是，在青壮年常年在外、村庄常住人口大量减少的条件下如何使农村公共生活保持生机和活力。人口过少也会导致治理失效，以留守老人、留守妇女和留守儿童为主要人口结构的农村社区会产生大量的社会问题。
但是我们都知道，根据村民委员会组织法的规定，村民自治的主体是村民，“三个自我”和“四个民主”的实现都需要村民的直接参与。根据村民委员会组织法的规定，村干部的产生方式，必须经全体村民直接选举产生；村民会议是村民自治的最高决策机关，有权审议村民委员会的年度工作计划和报告，有权撤销或者变更村民委员会不适当的决定等；村民有监督村干部的权利，可以通过村务公开、民主理财、经济责任审计、民主评议和罢免等方式行使监督权。可以说，村民的参与是村民自治的基础和核心。但是，在快速城市化的中国农村，劳动力的频繁流动会造成村民自治主体的经常性缺位，自治主体的缺失必然会使村民自治流于空虚。
不仅如此，大量的人口外流也使村级组织和村民小组缺乏必要的干部人选，使农村治理面临群龙无首的窘境。受城市化及市场经济的影响，不少年轻有为的村干部也外出务工了，不仅使村级组织出现干部老龄化现象，而且不少的留守村干部对工作的消极态度也比较明显。如果说村民会议是村民自治的决策机关的话，那么村委会便是其执行机关和组织载体，而村干部就是这个执行机关和组织载体的必要组成部分。缺乏一定数量和积极努力的干部人选，村委会的有效运行便成了问题，会使公共事务难以组织，许多公共服务无法提供。国家的一些惠农政策是需要村组织自己申请的，由于有些留守村干部缺乏必要的政策素质和主动性，就会使国家的这些惠农政策无法与这些农村对接和落实，造成项目、资源和机会的浪费。
快速城市化使农村人口大量外流，致使村民自治出现主体缺失现象，严重冲击村民自治最基本的人的基础。
