林坚主任认为，针对北京自然科学与社会科学协同创新智库建设，要有战略思路，形成总体构架，明确两界协同创新，发挥智库功能，突出特色，发挥优势，定位清晰，产出成果。在总结两界协同创新工作经验基础上，努力促进学科交叉融合，加强智库理论创新，培养智库人才，推进成果转化应用，为发挥自然科学界和社会科学界力量，服务首都创新城市建设和经济可持续发展，提供政策建议。
人大信息学院教授方美琪认为谈到思想的解放和开放的氛围等，认为必须有一个好的环境，人家即使说的东西和以前不一样，也不要把别人打死，要有前瞻性；应该开阔思路，要尽量的看到新东西，很多进步都在于自然科学、社会科学一起协同，最关键的是创新。
北京市社科联信息中心副主任林杨提供了书面发言，认为制定自然科学与社会科学协同创新智库建设规划，不单纯是致力于促进两界的合作不断深化，更重要的是推动智库建设与两界工作的现实合作，形成更高层次更全面的战略协同发展，提升合作水平，推动两界深度融合，充分发挥智库作用。
再次要加强智库方法论研究，强调创新思维和复杂性思维。
黄顺基教授强调要应用社会系统工程方法，就是在新形势下处理新问题的新方法，它的核心就是从定性到定量，“总体设计部”就相当于智库；智库不仅具有知识与信息采集、存储、调用、分析与综合的功能，更重要的它是具有产生新知识和新智能、智慧的功能，它可以用来研究理论问题，又可以用来解决问题。
人大马克思主义学院教授冯景源提出所谓智库就是人的智慧的集中，智库是用脑子建立的，它是社会智库，是社会需要的智慧；社会智库应该是有智慧的人的思想碰撞的结果，智库是适应社会需要的具有创造性思维的一些人的理论、智力的碰撞，不是哪一个人独断的来搞的。智库要重视方法研究，如马克思“从后思索”方法、“超逻辑”方法等；马克思主义不是教条，不是框框，马克思主义是一个解放思想的理论，要完整地理解原生态的马克思主义。
中国信息经济学会名誉理事长、人大信息学院教授陈禹强调最基本的理念和最基本的研究方法是一个智库建设的生命力；认识复杂系统，中国经济、中国社会是个复杂系统，要摒弃那种简单化的绝对化的思维方式；基础理论研究、政策研究、现实问题研究三个方面要互相支撑。
人大国发院研究员、国际关系学院教授任剑涛认为考虑问题的复杂性思维，要有边际考量，认识问题的复杂性和解决问题的简约性要匹配；致力于用智库解决中国问题，而不是把中国问题和中国撕裂掉了；智库不是表达立场，而是着眼于解决问题。
