其三，如何在取消重点学科审批的同时，清理一系列类似的行政审批、行政计划？值得注意的是，教育部从去年起，开始实行“2011计划”，去年4月公布了首批2012年度的14个“2011协同创新中心”。按照教育部的设想，要以协同创新中心建设为载体，构建面向科学前沿、文化传承创新、行业产业以及区域发展重大需求的四类协同创新模式，做“国家急需、世界一流”的大事，形成若干国家“智库”。虽然这计划改变了扶持的重点，不再是单个的高校，而是强调“协同”，但其行政计划性质是一样的，故而行政审批、行政管理的弊端也一样。
另外，如果要把高校建设为社会的思想库，关键在于推进高校自主办学、学术自治，“智库”是难以通过行政计划出来的。结果会像国家重点学科一样，大家会想办法评上重点学科，获得资源，却忽视了如何进行有价值的研究，培养创新人才。
去年两会期间，教育部部长袁贵仁曾提到，“职能转变的核心就是放权，教育部门放权有两个，一个是使省级政府有更大的教育统筹权，一个是所有政府要向学校放权，特别是高等学校办学自主权。”为此，应该以放权为原则，明晰政府发展教育的权责，把不属于教育行政部门的权力全部交给大学，这样才能激发学校的办学活力，让教育回归教育，学术回归学术。
